حضرت امام خمینی (رحمت الله علیه) بعد از شهادت مهدی فرمود:

خداوند شهید اسلام (مهدی باکری) را رحمت کند.

مقام معظم رهبری نیز در خصوص شهید مهدی باکری فرموده است:

شهید باکری یکی از همین جوان هاست، من آن شهید را قبل از انقلاب از نزدیک می‌شناختم این جوان مومن و صالح مشهد پیش من آمد، حق او بود که بعد از انقلاب یکی از سرداران این انقلاب بشود، چون صادق و مخلص بود و حق او بود که شهید بشود.

حجت‌الاسلام والمسلمین شهید محلاتی در مورد شهید باکری اظهار می‌دارند:

وی نمونه و مظهر غضب خدا در برابر دشمنان خدا و اسلام بود. خشم و خروشش فقط و فقط برای دشمنان بود و به عنوان فرمانده و باتقوا، الگوی رافت و محبت در برخورد با زیردستان بود.

همسر شهید باکری در مورد اخلاق او در خانه می‌گوید:

باوجود همه خستگی‌ها، بی‌خوابی‌ها و دویدن‌ها، همیشه با حالتی شاد بدون ابراز خستگی به خانه وارد می‌شد و اگر مقدور بود در کارهای خانه به من کمک می کرد؛ لباس می‌شست، ظرف می‌شست و خودش کارهای خودش را انجام می‌داد.

اگر از مسلئله‌ای عصبانی و ناراحت بودم، با صبر و حوصله سعی می‌کرد با خونسردی و با دلایل مکتبی مرا قانع کند.

دوستان و همسنگرانش نقل می‌کنند:

به همان میزان که به انجا فرایض دینی مقید بود نسبت به مستحبات هم تقید داشت. نیمه‌های شب از خواب بیدار می‌شد، با خدای خود خلوت می کرد و نماز شب را با سوز و گداز و گریه می‌خواند. خواندن قرآن از کارهای واجب روزمره‌اش بود و دیگران را نیز به این کار سفارش می‌نمود.

شهید باکری در حفظ بیت‌المال و اهیمت آن توجه زیادی داشت، حتی همسرش را از خوردن نان رزمندگان، برحذر می‌داشت و از نوشتن با خودکار بیت‌المال – حتی به اندازه چند کلمه – منع می‌کرد. وقتی همرزمانش او را به عنوان فرماندهی که مندرسترین لباس بسیجی را مدتهای طولانی استفاده می‌کرد مورد اعتراض قرار می‌دادند، می‌گفت: تا وقتی که می‌شود استفاده کرد، استفاده می‌کنم.

همواره رسیدگی به خانواده شهدا را تاکید می‌کرد و اگر برایش مقدور بود به همراه مسئولین لشکر بعد از هر عملیات به منزلشان می‌رفت و از آنان دلجویی می‌کرد و در رفع مشکلات آنها اقدام می‌کرد.

او می‌گفت: امروز در زمره خانواده شهدا قرار گرفتن جزو افتخارات است و این نوع زندگی از با فضیلت‌ترین زندگی‌هاست.